background-image:url(images/title-image.png) background-size: 35% background-position: 90% 95% # R によるデータ解析入門 ### ソフトウェアカーペントリー日本<br>Beyond AI <span style = 'font-size: 120%;'>2021/04/02 &ndash; 2021/04/16</span> <br><br><img src="https://beyondai.jp/images/common/logo.svg" alt="drawing" height="75"> --- ## 一日目 アウトライン - B'AIの紹介 - スタッフの紹介 - ソフトウェアカーペントリーの紹介 - ワークショップのやり方について - Ice breaker - ソフトのインストール **ワークショップの録画・録音・撮影・スクリーンショット等は<br>ご遠慮ください** --- ## B'AIの紹介 --- ## スタッフの紹介 .pull-left[ ニッタ ジョエル（インストラクター） @joel_nitta - 特任助教 - 理学系岩崎研究室 - 研究テーマ：シダ植物の進化、生態学、ゲノム解析 - 趣味：マラソン ] .pull-right[ <img src="https://www.joelnitta.com/project/community_ecology/featured_hudf7b8620e192de66d79d1f7e36df7824_885020_540x0_resize_q75_lanczos.jpg" alt="drawing" height="300"> ] --- ## スタッフの紹介 .pull-left[ 武井陸良（インストラクター） @rikutakei - 研究員 - アラバマ大学バーミンガム校 - 研究テーマ：痛風の遺伝要因、ゲノム解析 - 趣味：ロッククライミング ] .pull-right[  ] --- ## スタッフの紹介 .pull-left[ ケリートム（ヘルパー） @tomkxy - 研究員(ポスドク) - 理化学研究所 生命医科学研究センター - 研究テーマ：多能性幹細胞、がんゲノム解析、シングルセルRNA解析 - 趣味：日本語を勉強、映画、旅行 ] .pull-right[ <img src="images/tom_profile.jpg" alt="drawing" height="300"> ] --- ## スタッフの紹介 .pull-left[ 西田 孝三（ヘルパー） @kozo2 - 技術員 - 理化学研究所 生命機能科学研究センター - 研究テーマ：パスウェイ関連データの統合・可視化・解析 - 趣味：オープンサイエンスコミュニティの運営 ] .pull-right[ <img src="http://bioconductor.org/images/cab/kozo.png" alt="drawing" height="250"> ] --- ## スタッフの紹介 .pull-left[ 山口雅美（ヘルパー） @Masami20532423 - 図書館員 - グリフィス大学 (オーストラリア） - カーペントリーズのインストラクター、トレイナー、Executive Council Member - 好きな食べ物: ポップコーン、おせんべい ] .pull-right[ <img src="images/Masami_in_Lib.JPG" alt="drawing" height="250"> ] --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-0.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-1.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-2.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-3.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-4.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-5.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-6.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-7.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-8.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-9.png) background-position: center background-size: contain --- background-image:url(images/Beyond_AI-TheCarpentriesPresentation-10.png) background-position: center background-size: contain --- ## 行動規範 どなたでも気兼ねなくワークショップに参加できるように、[行動規範](https://carpentries-coc.readthedocs.io/ja/latest/topic_folders/policies/code-of-conduct.html)があります。 行動規範に反する行為があった場合は、[インシデントレポートフォーム](https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeYqO37p0P-5JsEoF-E_edpZM5iRdFxWHTFqILo6LzqGS33YQ/viewform?fbzx=-8556883400541824673)で報告することができます。 --- ## SWCワークショップの流れ - スライドによる内容の説明 - **ライブコーディング** --- ## ライブコーディングとは？ - インストラクターが打っていると同じコードを同時に自分のパソコンで打っていく -- - インストラクターが参加者の理解を確認する（「〜が出来ましたか？」） - zoomの「反応」をクリック→「はい」、「いいえ」　 .center[<img src="images/zoom_reactions.png" alt="drawing" height="200">] --- ## ライブコーディングとは？ 何か問題があった時に**声をかける** -- - zoomの「反応」をクリック→「手を挙げる」 あるい（また）は - zoomのチャットに質問を投げる .center[<img src="images/zoom_reactions_hand.png" alt="drawing" height="200">] --- ## コラボレイティブ・ノート [Googleドキュメント](https://docs.google.com/document/d/1G11-8sXl5hbb71ky-YmeHpDvPWXkp0Y-Q65V-59-z78/edit#heading=h.414fvxu27my1)にコードを貼っておきます。 もしインストラクターが進んで、コードが見えなくなったら、<br>Googleドキュメントを参照してください。 ### 参加者も自由に書き込んでいいです --- ## 画面設定のおすすめ  --- ## フィードバックの種類 - クイズ（zoomの投票機能） - ディスカッション（ブレークアウトルーム） - 感想（googleフォーム） - ワークショップ前後の[アンケート](https://carpentries.typeform.com/to/CvmMM8re?slug=2021-04-02-todai-online-ja) --- ## Zoomの使い方のお願い .pull-left[ - カメラを常にオン - 名前の変更 - 例：東大 太郎（理学部 M2） - インストラクター、ヘルパー、見学に来ている方はそのステータスを記入 ] .pull-right[ .center[<img src="images/zoom_name_change.png" alt="drawing">] .center[<img src="images/zoom_menu.png" alt="drawing" height="50">] ] ### 積極的に発言してください！🙂 --- ## Ice breaker ４−５人ずつブレークアウトルームで自己紹介しましょう - どうやってRを知りましたか？ - 研究テーマは何ですか？ - 趣味は何ですか？ --- ## ソフトのインストール - **R** https://cloud.r-project.org/ - **RStudio** https://rstudio.com/products/rstudio/download - **Zoom** https://zoom.us/jp-jp/home.html - **tidyverse** - `install.packages("tidyverse")` [ワークショップのホームページ](https://swcarpentry-ja.github.io/2021-04-02-todai-online-ja/) --- ## 二日目 アウトライン - RStudio入門 - Rを計算機としての使用 - 変数 （休憩） - 関数 - RStudioを使ったプロジェクト管理 - ヘルプ機能 --- ## なぜRを使うのか - 無料だから - パッケージが豊富 - Rコードを使うことによって統計解析の再現性が上がる --- ## RStudioって何？ - 総合開発環境（IDE - Integrated Development Environment） - コードを書く場所（エディタ）とそれを実行するプログラム（R）が合わさったソフトウェアのこと - プロジェクト管理など、他にも便利機能がついています --- ### チャレンジ 以下の変数名のうち、Rで使える変数名はどれでしょう？（複数可） 1. min-height 2. max.height 3. _age 4. celsius2kelvin 5. MaxLength --- ### 関数とは？ 何かの値（インプット）を受けて、処理して、計算結果（アウトプット）を返すもの .center[<img src="https://manamina.valuesccg.com/uploads/content/image/12292/__.png" alt="drawing" height="100">] .footnote[https://manamina.valuesccg.com/articles/756] --- ### 関数とは？ 関数の書き方： `関数名(引数)` 関数の例：`print()`、`paste()` --- ### チャレンジ `toupper`はインプットの文字列を大文字にする関数です。`toupper`を使った、私の名前（"joel"）を大文字にするコードはどれが正しいでしょうか？ 1. `toupper["joel"]` 2. `toupper(joel)` 3. `toUpper("joel")` 4. `toupper("joel")` 5. `toupper, "joel"` --- ### RStudio によるプロジェクト管理 よくあること： .center[<img src="images/bad_layout.png" alt="drawing" height="400">] --- ### RStudio によるプロジェクト管理 よくあること： .center[<img src="images/bad_layout_zoom.png" alt="drawing" height="400">] --- ### 問題 1. データのバージョン（原本か修正版か）が分かりません 2. コードのバージョンが分かりません 3. 知りたい結果（図など）を探すのに時間がかかります 4. 図とその図を出力するコードの対応が分かりません -- 以上の問題を解決することによって、**しばらく手をつけていなくても、簡単にプロジェクトを再開できる** --- ### RStudioで新しいプロジェクトを作成しましょう 1. "File" メニューボタンをクリックし、"New Project"をクリック 2. "New Directory"をクリック 3. "Empty Project"をクリック 4. プロジェクトを保存するディレクトリの名前をタイプ（例 "my_project"） 5. 可能なら、"Create a git repository"のチェックボックスを選択 6. "Create Project" ボタンをクリック --- ### プロジェクト管理の最適なやり方 1. データは読み込み専用にしましょう 2. 生成されたアウトプットを捨てても良いようにしましょう 3. 関数定義と適用は別々にしましょう --- ### チャレンジ：データディレクトリにデータを保存する ギャップマインダーのデータを[ここから](https://raw.githubusercontent.com/swcarpentry/r-novice-gapminder/gh-pages/_episodes_rmd/data/gapminder_wide.csv)ダウンロードしましょう 1. ファイルをダウンロードする（CTRL + S、右マウスクリック -> 「名前を付けて保存する」、またはファイル ->「ページを名前を付けて保存する」) 2. 確実に `gapminder_data.csv` という名前で保存しましょう 3. プロジェクトの中にある `data/` フォルダに保存しましょう このデータは後で読み込んで色々調べます --- ## 三日目 アウトライン - 二日目のおさらい - データ型について - ベクトルの使い方１ （休憩） - ベクトルの使い方２ - データフレームの使い方 - データフレームからデータを抜き出す --- ## 四日目 アウトライン - 三日目のおさらい - `filter()`、`select()`、`mutate()`関数を使ってみる - `group_by()`と`summarise()`関数を使って基本的な計算をしてみる （休憩） - `ggplot2`パッケージについて - レイヤーの仕組み - `ggplot()`関数を使って図を作成してみる --- ## 五日目 アウトライン - 四日目のおさらい - グループ別に色や形を変えてみる - `ggsave()`関数で図を保存する （休憩） - `rmarkdown`でレポートを作成する（仮）